Taxonomía y Microorganismos. Introducción

Los Microbiólogos definen las especies de forma diferente a los especialistas en otros campos biológicos. En organismos superiores, las especies son grupos de cruces, o potenciales cruces, de poblaciones naturales. Puede aislarse de forma relativamente fácil unos grupos de otros. Pero, por una simple cuestión de tamaño, esto no es así para los microbios. No hay ninguna manera de determinar relaciones evolutivas entre los prokariotas sin el apoyo total de la filogenética molecular, basada en el análisis de secuencias de genes.

Las bacterias, por ejemplo, no se reproducen sexualmente (de forma habitual) sino por simple "fisión binaria" (cada célula bacteriana se divide en dos células hijas) por lo que, esencialmente, el tipo de definiciones de la taxonomía clásica no tienen apenas sentido en microbiología.

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Las bacterias son haploides (expresan sus genes directamente estando presentes como entidades únicas y no como un par, uno de cada padre). El resultado de esto es que las especies bacterianas pueden definirse mejor como: "una colección de cepas que comparten muchas características estables en común y difieren en detalles de otras colecciones de cepas (especies)".

Una cepa desciende de un solo organismo, aislado normalmente en cultivo puro.

Los cepas pueden variar ligeramente entre si de muchas maneras diferentes. A menudo una cepa representativa se designa como "cepa tipo" para una especie. Aunque se supone que es "representativa", a menudo simplemente es la cepa "más estudiada" o la "aislada en primer lugar" y realmente no es la cepa "promedio" que teóricamente implicaría ser la representación de la especie.

Pero, aunque como ya estamos viendo, el concepto de especie bacteriana no es el mismo que en organismos "superiores", en bacteriología (o en micología) las especies se nombran según el sistema binomial clásico de Linneus de "género + especie". El nombre específico es estable (es el nombre probado más viejo que se conoce para esa especie). El nombre genérico puede cambiarse, en reasignación, cuando se construye un nuevo, teóricamente mejor, esquema de clasificación. Por ejemplo, Escherichia coli se denominó originalmente como Bacillus coli. Cuando quedo claro que esta bacteria no era un bacilo, el nombre genérico se cambió a Escherichia, pero el nombre específico se quedó como coli.

Un ejemplo "clásico de jerarquía":

  Reino Procaryotae
Division (Filum) Tenericutes
Clase Mollicutes
Orden Mycoplasmatales
Familia Mycoplasmataceae
Género Mycoplasma
Especie M. pneumoniae

Taxonomía de los microorganismos: dos posibles objetivos diferentes

Sistemas filogenéticos: (genotípicos) esquemas que despliegas relaciones evolutivas. Agrupaciones de organismos en base a una herencia evolutiva compartida. Ej: Mycoplasma (sin pared) y Bacillus (bacilo Gram+ con pared) no son, evidentemente, similares, no se agruparían fenéticamente; pero filogenéticamente (evolutivamente) son similares, dado que ambos son organismos Gram +

Sistemas fenéticos: (fenotípicos) esquema de clasificación utilitaria. Uso de "claves". Agrupaciones de organismos basadas en la similitud mutua de características fenotípicas. Puede o no emparejar correctamente alguna agrupación evolutiva. Ej: El grupo de organismos flagelados (móviles) en un grupo, los organismos no-móviles en otro grupo (manual Bergey's)

Pero en el ejercicio diario de la Microbiología, por ejemplo en el Laboratorio clínico, se necesitan soluciones cómodas, a la vez que eficaces, de cara a clasificar e identificar microorganismos. La rapidez es esencial en gran número de ocasiones y no siempre los métodos de taxonomía molecular son accesibles de forma inmediata en todos los laboratorios. Una tinción GRAM se prepara en 5 minutos. Durante muchos años, los sistemas de trabajo más habituales estuvieron basados, y lo siguen estando, en sistemas fenotípicos, de gran utilidad práctica, pero de escaso valor taxonómico real.

Estamos pues ante una dicotomía especialmente compleja de valorar. Cada uno de los dos enfoques, tomado en el momento adecuado, aporta soluciones de gran valor al microbiólogo clínico o al investigador de base.

Hay que seguir avanzando sin dejar de lado nada de lo que hasta ahora ha demostrado ser de una utilidad inapreciable. Será así como las grandes posibilidades de la filogenética, de la taxonomía molecular, de las investigaciones con las pequeñas moléculas 16S ARN, alcanzarán pronto todo su potencial clarificador en el estudio y comprensión de los microorganismos.